Ce qu'on a perdu

Nos 2 frères accompagnés par le major Armstrong se rendent à la ferme Rockbell afin que Winry et sa grand-mère construisent un nouvel auto-mail pour Ed, celui-ci pourra ainsi fixer l'armure d'Al.
Pendant ce temps, Lust et Glutony retrouvent le Dr Marco...

La maison familiale

Ed, Al et Armstrong arrivent chez les Rockbell. Winry et sa grand-mere en ont pour 3 jours à construire un nouveau bras pour Ed, l'occasion pour les frères de se remémorer leur enfance.

Les notes de Marcoh

Scar surprend Lust et Glutony dans une bibliotheque, un combat s'ensuit.
Le lendemain, Ed et Al arrivent à Central City, mais la bibliotheque est détruite, plus un seul livre n'est lisible, impossible de retrouver les notes de Marco.
Cependant il reste peut-etre un espoir : une ancienne employée de la bibliotheque, à la mémoire presque surnaturelle.

Toute la vérité

Edward vient de découvrir la vérité : La Pierre Philosophale est créée à partir de sacrifices humains. Choqués, les 2 freres décident de renoncer à leurs recherches. Grace au soutien du Lieutenant Ross, il décide de découvrir "la vérité cachée".

Âmes de guerriers

Arrivé dans le laboratoire, Ed affronte le prisonnier n° 48. A l'extérieur, Al affronte le n°66. Ces 2 "prisonniers" sont semblables à Al : une âme dans une armure.
Quand Ed décapite le numéro 48, celui-ci se revele etre, en fait, constitué 2 âmes, donc 2 parties de l'armure. Le combat risque de s'eterniser.